Die Inititative zur Errichtung eines "Franziskaner-Hospitiums" in Ellingen ging auf Landkomtur von Roggenbach im Jahre 1660 zurück. Er traf auf den Widerstand der Kapuziner in Eichstätt, die gerne selbst statt der Franziskaner in Ellingen Fuß gefasst hätten. Das bischöfliche Ordinariat in Eichstätt wollte über die Kapuziner seinen Einfluss auf Ellingen stärken. Auch die Franziskaner im Kloster Hl. Blut bei Spalt befürchteten eine Verringerung ihrer Einkünfte. So gelang es erst 1736 Landkomtur von Hornstein, die erforderlichen Bewilligungen vom Deutschmeister und Kurfürst Clemens August Herzog von Bayern sowie des Bischofs von Eichstätt zu erlangen. Die Grundsteinlegung erfolgte am 29. April 1738. Am 23. April 1740 wurde die Kirche feierlich eingeweiht. Der relativ schlichte hohe Bau mit vier-jochigem Langhaus und eingezogenem Chor zu zwei Jochen ist südgerichtet, der gesamte Raum war eingewölbt. Es gab vier Altäre. Der Hochaltar war "zu Ehren Jesu" und dem Franziskaner Johannes von Capistrano geweiht, die drei Seitenaltäre den Franziskanern Antonius von Padua und "Franziskus Seraphikus" (Franz von Assissi) sowie der "Schmerzhaften Gottesmutter Maria". Der Hauptzugang erfolgte direkt von der Hausner Gasse durch das in Werkstein gefertigte Portal, dem einzigen dekorativen Bauteil des Außenbaus. Entsprechend der Bautradition der Franziskaner gab es keinen Kirchturm, sondern nur einen Dachreiter über dem Chor. Der Klosterflügel war als zweigeschossiger Bau an die Südostflanke des Chores angebaut. 1818 wurde das Kloster geschlossen und an Feldmarschall Carl Fürst von Wrede übergeben. Die Kirche wurde profaniert, ihrer Ausstattung beraubt und ab 1824 gewerblich genutzt. Im Kloster wohnte der fürstliche Oberförster. Um 1856 stürzte das Gewölbe der Kirche ein. 1887 wurde der Abbruch des Sakralbaus genehmigt, jedoch nicht verwirklicht. 1888 erwarb die Stadt Ellingen die Klostergebäude und richtete im Klosterflügel und Kirchenchor die Volksschule und den Kindergarten ein. Das Kirchenschiff wurde zur Hopfenhalle. Hier wurde der Hopfen gedörrt und gesiegelt. Seit den 1980er Jahren sind große Teile des Gebäudes ungenutzt. Ein Ausbau zum Kulturzentrum ist geplant. Das ehemalige Franziskanerkloster ist das städtebaulich wichtigste Gegenstück zu den Baumassen der Pfarrkirche und des Schlosses jenseits des Hauptstraßenzuges der Pleinfelder-und Weißenburger Straße. Vom Inventar befindet sich das Bild des Hochaltars heute in der Kirche von St. Veit, zwei Seitenaltäre in der Pfarrkirche von Pleinfeld. Der Orgelprospekt steht in Walting. Das Werk selbst dürfte das Opus 1 des berühmten Münchner Orgelbauers Anton Bayer sein und befindet sich derzeit restauriert in der Zollingerhalle bei Dr. Sixtus Lampl in Valley.
22 ehemalige Franziskanerkirche